Apple versprach mit dem iPhone 3GS, aber auch mit dem iPhone Software-Update 3.0 eine merkbar bessere Akkulaufzeit. Eine Menge von Nutzern merkte davon allerdings verhältnismäßig wenig, bzw. durfte das Gegenteil feststellen. Seit dem Update auf 3.0 brach die Akkulaufzeit teilweise massiv ein. Nutzer, die von einem iPhone der ersten oder zweiten Generation auf ein 3GS umstiegen und vorher 2.0 im Einsatz hatten, stellten ein ähnliches Phänomen fest. Im Apple Forum wird diese Thematik bereits heftigst diskutiert.
Die Lösung scheint denkbar einfach und beim Großteil der User zum Erfolg zu führen: nach einem Software Update (über die Funktion Wiederherstellen) über iTunes KEIN Backup des „alten“ iPhones einspielen, sondern das iPhone als ein neues Gerät konfigurieren. Altlasten werden somit nicht eingespielt und der Akku hält entsprechend länger. Einziger Wermutstropfen: SMS, gespeicherte Wlan Passwörter, Fotos in der iPhone Filmrolle und Icon-Positionen von Programmen gehen verloren. Alles andere sollte in der Regel ohne Probleme via iTunes wieder zurück synchronisiert werden.